ในวิกฤตการณ์การเมืองไทย พ.ศ. 2556–2557 นายพุทธิพงษ์เป็นหนึ่งใน 9 ส.ส.พรรคประชาธิปัตย์ที่ลาออกจากการเป็นสมาชิกพรรคและกรรมการบริหารพรรค และเข้าเป็นหนึ่งในแกนนำ กปปส. ร่วมกับแกนนำและแนวร่วมคนอื่นๆ ที่เป็นคนหนุ่มวัยใกล้เคียงกัน คือ นายณัฏฐพล ทีปสุวรรณ, นายชุมพล จุลใส และนายสกลธี ภัททิยกุล [7] [8]

โดยในระยะแรกของการชุมนุม ซึ่งสถานที่ชุมนุมยังเป็นที่บริเวณสถานีรถไฟสามเสน นายพุทธิพงษ์เป็นผู้สำรวจสถานที่และตัดสินใจเอาสถานที่นี้เป็นที่ชุมนุมร่วมกับนายณัฏฐพล[9]

ในวันที่ 14 พฤษภาคม พ.ศ. 2557 จากการชุมนุมในครั้งนั้น ศาลอาญาอนุมัติหมายจับแกนนำ กปปส. รวม 43 คน ผู้ต้องหาคดีกบฏ และความผิดอื่น รวม 8 ข้อหา เพื่อติดตามตัวมาดำเนินกระบวนการตามกฎหมาย โดย นายพุทธิพงษ์เป็นผู้ต้องหาหมายเลขที่ 4[10] [11]

หลังเหตุการณ์นี้ นายพุทธิพงษ์ก็ได้เข้าอุปสมบทที่วัดพระรามเก้ากาญจนาภิเษก และย้ายไปจำวัดที่วัดธารน้ำไหล จังหวัดสุราษฎร์ธานี เช่นเดียวกับแกนนำคนอื่น ๆ [12]